同一套房子两次过户税费不一样，其法律依据主要源于我国相关税收法律法规的规定。
《中华人民共和国契税法》第一条规定：“在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本法规定缴纳契税。”第三条规定：“契税税率为百分之三至百分之五。契税的具体适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的税率幅度内提出，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案。省、自治区、直辖市可以依照前款规定的程序对不同主体、不同地区、不同类型的住房的权属转移确定差别税率。”

《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》中明确，个人将购买不足2年的住房对外销售的，按照5%的征收率全额缴纳增值税；个人将购买2年以上（含2年）的住房对外销售的，免征增值税。上述政策适用于北京市、上海市、广州市和深圳市之外的地区。

结合“同一套房子两次过户”的情况，若两次过户的交易方式（如买卖与赠与）、房屋持有年限、交易双方关系等不同，根据上述法律规定，其适用的税率、减免政策就会不同，从而导致税费不一样。例如，第一次过户为买卖且房屋持有满2年，免征增值税；第二次过户为赠与（非直系亲属），可能需按核定价格缴纳增值税，因此两次税费产生差异。
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同一套房子两次过户税费不一样，以下特殊情况或例外情形可能会对处理造成影响：
1、直系亲属间的赠与或继承：根据我国相关税收政策，直系亲属间的房屋赠与或继承通常享受一定的税费优惠，如免征增值税、个人所得税，契税也可能适用较低税率。如果第一次过户是直系亲属间的赠与，第二次过户是非亲属间的买卖，那么两次税费会因是否享受该优惠而产生显著差异。这种情况下，处理时需要重点核实亲属关系证明，以确认第一次过户时优惠政策的适用是否合法合规。

2、房屋用途的变更：如果同一套房子在两次过户期间发生了用途变更，例如第一次过户时为住宅，第二次过户时已变更为商业用房，由于商业用房的契税税率（通常为3%-5%）、增值税率（一般纳税人适用9%，小规模纳税人适用5%）等均高于住宅，会直接导致第二次过户税费增加。处理时需提供房屋用途变更的相关证明文件，如规划部门的批准文件等，以解释税费差异的原因。

3、所在地区的首套房或二套房政策：部分地区对首套房、二套房的契税有不同规定，例如首套房面积在90平米以下的契税为1%，二套房则可能为2%或更高。如果第一次过户时购房者为首套房，享受了契税优惠，第二次过户时购房者为二套房，无法享受该优惠，就会导致两次税费不同。处理时需要核查两次过户时购房者的房产持有情况，以确认是否符合首套房优惠政策。

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